V paměťovém prostoru karty mohou po opakovaném zápisu a mazání dat (klíčů, certifikátů, datových objektů, ...) vznikat nevyužité fragmenty. Tyto fragmenty mohou být tak malé, že je nelze použít pro zápis nových dat - zmenšuje se tak efektivní velikost paměťového prostoru karty.
Defragmentace je proces, při němž se z fragmentů dat vytváří jediný datový blok. Eliminují se tím nevyužité fragmenty a maximalizuje se velikost paměti použitelné pro zápis nových dat.
Kartu je vhodné defragmentovat, jestliže má v okně informací o kartě jeden z údajů:
Před spuštěním defragmentace se ujistěte, zda je karta, určená k defragmentaci, vložena do čtečky tak, jak je aktuálně znázorněno ve stromu informací. Došlo-li k výměně karty, načtěte nejprve data a poté proveďte defragmentaci.
Volba Defragmentovat kartu je přístupná pouze, když ve je stromu informací vybrána karta.